O ministro Gilmar Mendes protocolou um ofício, nesta quinta-feira (17), com questionamentos sobre o trabalho do colega, Luiz Fux, na condução dos trabalhos da Segunda Turma da Corte na análise do caso que resultou no afastamento do diretor-geral da Polícia Federal (PF), Andrei Rodrigues, do cargo. 
Mendes, o ministro mais antigo da Corte, afirma no documento que houve uma “condução indevida dos trabalhos” por parte de Fux, que é presidente da Segunda Turma, na questão.
O argumento é que houve um tempo curto, de apenas 22 minutos, entre a comunicação ao gabinete da convocação e o início de uma sessão do colegiado para analisear a decisão do afastamento do diretor da PF, que foi tomada pelo ministro André Mendonça.
“Não é razoável esperar que, nesse intervalo, um julgador examine os autos, compreenda a extensão da medida e forme convicção segura sobre a sua legitimidade”
escreveu Mendes no ofício enviado a Fux
O diretor-geral da PF foi afastado do cargo em 8 de setembro em decisão individual (monocrática) tomada pelo ministro André Mendonça dentro das investigações da Operação Compliance Zero, que apura o esquema de fraudes financeiras bilionárias supostamente praticadas pelo ex-banqueiro Daniel Vorcaro, dono do antigo Banco Master.
No mesmo dia do afastamento, a decisão foi levada para análise na Segunda Turma, da qual Mendonça faz parte junto com Fux, Nunes Marques e Dias Toffoli, além do próprio Gilmar Mendes.
O delegado acabaria voltando ao cargo no dia seguinte, por decisão também individual do ministro Flávio Dino.
O que alega Gilmar Mendes no ofício que questiona Luiz Fux?
Segundo o ofício enviado por Gilmar Mendes, seu gabinete recebeu apenas às 9h38 o comunicado oficial sobre a realização de sessão extraordinária da Segunda Turma às 10h. O ministro pediu vista (mais tempo de análise, em prazo máximo de 90 dias) assim que o julgamento foi aberto.
“Na realidade, pela própria dinâmica dos acontecimentos, surge evidente que, no momento em que o feito foi incluído em pauta, já existia prévio ajuste – não comunicado a parcela dos demais colegas integrantes do colegiado – entre Vossa Excelência, Ministro Luiz Fux, e o Ministro André Mendonça”
acusou Gilmar Mendes
Mesmo com a vista pedida por Mendes, Fux e Nunes Marques anteciparam seus votos, às 10h04, no sentido de manter a decisão de afastar Andrei Rodrigues da chefia da PF.
“Nesse sentido, a designação de sessão por entendimento reservado entre a Presidência e o Relator, à margem dos demais membros, desconsidera a lógica constitucional e regimental, convertendo a Presidência em instrumento de aceleração de uma tese, quando deveria ser garantia de igualdade entre todos os julgadores”
acrescentou Mendes
O ofício enviado pelo ministro Gilmar Mendes não possui efeito prático, servindo apenas como um registro dos questionamentos dele sobre a isenção de Luiz Fux na condução dos trabalhos na Segunda Turma.
Mendes pediu ainda, no texto, que todos os ministros do colegiado sejam tratados de forma igual pelo presidente Luiz Fux, “sem inclinação por qualquer deles”.